Bahaya urea terhadap tanah adalah tergerusnya karbon alami yang ada didalam tanah. Urea memberikan kesuburan yang berlebihan didalam tanah sehingga bakteri tumbuh dengan pesat, bakteri ini juga memerlukan zat lain untuk hidup, salah satunya adalah karbon. Setiap 1 urea diperlukan sekitar 30 karbon organik. Semakin banyak urea yang ada didalam tanah, maka semakin banyak juga karbon yang akan hilang, akibatnya kesuburan tanah akan rusak karena ketidakseimbangan jumlah nutrisi didalam tanah. Ketika tanah menjadi tidak subur lagi, maka tanaman akan sendirinya akan mati.

Tanah menjadi gersang karena kehilangan unsur hara penting (karbon organik)

Produktivitas pertanian berkurang 

Dalam efeknya terhadap pemanasan global, tanah dan tumbuhan adalah salah satu "pemakan" karbondioksida yang ada diudara. Tumbuhan mengkonsumsi karbondioksida dari udara untuk fotosintesis menjadi oksigan dan karbohidrat. Selain itu, tumbuhan juga lah yang menggerakkan siklus karbon yang ada dialam dengan menyerap dari udara dan menyimpannya di dalam tanah. Jumlah karbon yang ada didalam tanah sekitar 4 kali lebih tinggi dibanding jumlah karbon di udara. Oleh karena itu, ketika tidak ada tanaman lagi, maka karbon diudara tidak dapat diserap oleh tanah. Efek dari tidak terserapnya karbon oleh tanah adalah meningkatnya jumlah karbon di atmosfer, dan ini berarti meningkatnya temperatur bumi akibat efek rumah kaca. Meningkatnya temperatur bumi akan mencairkan salju di kutub bumi. Dengan mancairnya salju maka karbondioksida yang terikat didalam salju (salju juga merupakan penyimpan karbon yang baik) terlepas ke atmosfer dan akan mamperburuk efek rumah kaca. 

Sistem pertanin yang tidak baik semacam ini dapat mengganggu keseimbangan alam. Penggunaan pupuk urea yang tidak berimbang justru menjadi salah satu penyebab rusaknya kesuburan tanah. Sekarang ini pertanian organik mulai berkembang sebagai solusi untuk masalah pupuk ini. Selain tidak menggunakan pupuk buatan, pertanian organik juga tidak menggunakan pestisida kimia yang berbahaya untuk kesehatan. Salah satu kendala untuk pertanian organik adalah harganya yang masih mahal dan pola pikir masyarakat yang masih salah dalam menggunakan pupuk.

Selain itu, penggunaan karbon organik untuk menggantikan karbon yang hilang dari tanah juga mulai dilakukan. Penambahan karbon organik ini dilakukan untuk mengimbangi jumlah karbon yang hilang akibat penggunaan pupuk. Karbon organik yang paling baik adalah kompos, dimana didalamnya juga terdapat mikroba-mikroba yang dapat menyuburkan tanah.

Penggunaan pupuk organik untuk menggantikan urea juga sudah banyak dilakukan. Berbeda dengan urea yang hanya mengandung nitrogen, pupuk organik juga mengandung banyak karbon dan nutrisi-nutrisi lain yang diperlukan tanaman. Pupuk organik dapat dibuat dari sampah-sampah organik ataupun sampah-sampah domestik dari kegiatan manusia sehingga selain berfungsi untuk menyuburkan tanah juga mengurangi jumlah gas metan yang akan terbuang ke atmosfer seandainya sampah tersebut tidak diolah